南京军区南京总医院是一所医教研协调发展的大型综合性医院。1994年首批被评为“三级甲等医院”，1999年获得“全国百佳医院”称号，2000年经人事部批准，在全国医院系统首家设立博士后科研工作站，2002年被批准独立招收博士后。2003年7月，医院内科学、外科学被国务院学位委员会、教育部批准为博士学位授予权学科。同年医院荣获“全国拥政爱民模范单位”称号。2004年成为军队博士后管理信息中心。 
        医院以“建设国内一流、军内领先、与国际接轨的现代化医院”为总目标，以“全面建设，重点突破，提高层次，扩大影响，真情回报部队和社会”为发展思路。坚持以人为本的管理理念，坚持科技兴院、人才强院的发展战略。积极推进医院后勤保障社会化，积极运用现代科技管理手段，大力推进医院信息化建设，建有400多个终端的计算机局域网；自主开发了“南京总医院网”、“南京总医院博士后科研工作站网”等四个网站。